開啟Mathtype，選取「Size」→「Define」，更改方程式大小樣式。
一般來說對照論文內文大小格式只要更改"Full"那行尺寸即可，其他設定則按照預設，若有另外需求要做更動也無妨。
設定完成後選擇「Preferences」→「Equation Preferences」→「Save to File」，儲存副檔名為eqp之設定檔。
接著進入Word介面，進入Mathtype之標籤下，可先點選欲修改之單一方程式，再點選「Format Equations」。
點選「MathType preference file」選取先前儲存之eqp檔。
勾選「Use for new equations」有無差別看不太出來。
關於更動方程式之範圍，點選「Current selection」只會更改點選之單一檔案，點選「Whole document」則會針對全部Word文件中之Mathtype方程式做更改。
設定完成後按下ok即開始自動對Word文件內所有方程式做格式統一整理，結果如上圖所示。
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